财政部有针对性地选取了民营企业、被注册会计师出具否定意见或拒绝表示意见审计报告的国有或国有控股企业、以及1999-2001年会计信息质量检查中被公告的部分企业进行了检查。
从对被注册会计师出具否定意见或拒绝表示意见的审计报告的国有或国有控股企业的检查情况看，部分企业仍面临经营管理不善，通过违规拆借资金、资产置换等手段造成国有资产损失等问题，其中一些企业已无法持续经营。如成都东方电气科技实业有限公司违规拆借资金额达1.23亿元，至2003年检查日止尚有6432万元对外借款未收回，国有资产面临严重损失。
从对以前年度会计信息质量检查中被公告的部分企业进行的复查情况看，大多数企业在检查后能够加强会计管理工作，制定落实整改措施，增强遵纪守法意识，会计信息质量得到了明显改善，如广西金嗓子有限责任公司、中化山东进出口集团公司等企业在2003年会计信息质量检查中未发现违法违规问题。但也有个别企业屡查屡犯，如福建雪津啤酒有限公司1999年被查出虚列收入3954.87万元，公司董事长兼总经理已被行政警告，2003年又被查出违法违规金额8.25亿元，其中通过账外设账等手段隐瞒收入达4.96亿元，涉嫌偷逃税款2.2亿元。
